多年来,基于实验和模拟方法,已经研究了数百种酶反应机制。这些关于生物催化的丰富文献,现在已经成熟,并有望作为研究酶机制的基础,以开发新知识的方法。
近日,英国 欧洲生物资讯研究所(European Bioinformatics Institute) Antonio J. M. Ribeiro,Janet M. Thornton等,在Nature Methods上发文,提出了一个工具,自动推断给定的三维活性位点和酶反应的机制路径,基于一套催化规则,涉及从机制和催化位点图谱(酶机制数据库)汇编。每个人都可以通过Web用户界面使用EzMechanism (发音为' easy ' mechanism)。当研究一种机制时,EZ机制,通过确保考虑相关信息,以促进和改进假设的产生,这些信息来自于相关和不相关酶的文献。在一组62种酶上,验证了EZ机制,并确定了进一步改进的途径,包括需要额外的和更通用的催化规则。EzMechanism: an automated tool to propose catalytic mechanisms of enzyme reactions. EzMechanism:酶反应催化机制的自动化工具。图1:从M-CSA数据库中,提取酶催化规则的生成过程,并解释了两个机制步骤。图2:在M-CSA数据库中,最常观察到的催化规则。图3: 机制搜索算法说明。
图4:基于EZ机制,发现民β-内酰胺酶A的机制途径。
Ribeiro, A.J.M., Riziotis, I.G., Tyzack, J.D. et al. EzMechanism: an automated tool to propose catalytic mechanisms of enzyme reactions. Nat Methods (2023). https://doi.org/10.1038/s41592-023-02006-7https://www.nature.com/articles/s41592-023-02006-7声明:仅代表译者个人观点,小编水平有限,如有不当之处,请在下方留言指正!